На текущий момент (февраль 2018) Clickhouse не поддерживает инструкцию TRUNCATE для полной очистки таблицы. Вместо этого можно удалить и пересоздать таблицу:

table=tmp
create=`clickhouse-client --query="SHOW CREATE TABLE $table" | tr -d '\\'`
clickhouse-client --query="DROP TABLE $table"
clickhouse-client --query="$create"

# Замена TRUNCATE, вместо "tmp" нужно указать название таблицы

Или в одну строку:

table=tmp; create=`clickhouse-client --query="SHOW CREATE TABLE $table" | tr -d '\\'`; clickhouse-client --query="DROP TABLE $table"; clickhouse-client --query="$create"

# Удобно для Ctrl+C & Ctrl+V

В новых версиях разработчики обещают добавить поддержку очистки данных.