Эффективность настройки MySQL может очень сильно влиять на производительность работы сайта на Wordpress. Поскольку Wordpress использует InnoDB таблицы, нам необходимо настроить MySQL сервер под оптимальную работу с ними. Откройте файл my.cnf (обычно /etc/my.cnf) и измените следующие настройки. В нашем случае конфигурируем MySQL для сервера с 1 ядром и 512Мб оперативной памяти, на котором работает еще и PHP и MySQL.

max_connections = 64
Максимальное количество соединений следует подбирать под нагрузку и количество ядер, но лучше начать с 64.
innodb_buffer_pool_size = 256M
Этот параметр нужно установить в 70...80% доступной оперативной памяти. В нашем случае часть памяти будет использована под PHP и Nginx.
innodb_flush_log_at_trx_commit = 2
Этот параметр позволяет оптимизировать работу с записью InnoDB таблиц на диск. Вместо дорогих операций сброса лога на диск после каждой транзакции, MySQL будет сбрасывать лог в операционный кеш.
thread_cache_size = 16
Количество потоков (тредов), которые будут храниться в кеше. Нужно следить за ростом создаваемых потоков.
query_cache_size = 32M
query_cache_limit = 1M
Общий размер кеша и его лимит для каждого запроса. Также стоит увеличивать по мере роста нагрузки и данных. Осторожно. Слишком большие значения могут привести к потере производительности.

Более детальная и тонкая настройка Mysql под нагрузки. Также посмотрите видео по тюнингу MySQL для Wordpress от Ильи Полихронова.