Чтобы удалить правило из iptables, необходимо сначала найти его номер:

iptables -L --line-numbers -v -n

Например список правил будет таким:

1   5559  454K ACCEPT     tcp  --  *      *       2.2.2.2         0.0.0.0/0            tcp dpt:3690
2      1    44 DROP       tcp  --  *      *       0.0.0.0/0            0.0.0.0/0            tcp dpt:3690
3      0     0 ACCEPT     tcp  --  *      *       1.1.1.1       0.0.0.0/0            tcp dpt:3690

Теперь достаточно выбрать номер нужного правила (будет виден в первой колонке) и удалить его:

iptables -D INPUT 3

Чтобы удалить все правила из iptables можно выполнить такую команду:

iptables -F