Mysql поддерживает два самых популярных движка InnoDB и MyISAM.

Главные отличия

MyISAM InnoDB
Полнотекстовый поиск + > 5.6.4
Транзакции - +
Блокировка записи Таблицы Строки

MyISAM стоит использовать, если нужен полнотекстовый поиск до версии 5.6. Также этот движок подойдет, когда в таблице очень мало записей и большое количество чтений.

Во всех остальных случаях нужно использовать InnoDB.